
بیان الفرقان تنها اثری است که بخشی از افکار و عقاید حاج شیخ مجتبی قزوینی را در خود منعکس میکند. این کتاب در شرایطی به چاپ رسید که جامعه ایران در چنگال استعمار و استثمار دست و پا میزد و دین چون بازیچه ای در اختیار جناح های قدرت قرار گرفته بود و بحرانهای عظیم دینی جامعه را تهدید می کرد. بیش از ده حزب سیاسی در خراسان فعالیتهای دامنه داری را طی چندین سال به سامان رسانده بودند. اختلاف افکار بیداد می کرد و جوانه های الحاد در سرزمین توحید سربرآورده بود. کتابهای اعتقادی مارکسیستی، از قبیل عرفان ، اصول مادی ، فلسفه زندگی و غیره در اختیار اهل کتاب گذاشته می شد.
در چنین فضایی حاج شیخ مجتبی بیان الفرقان را نوشت و جلد اول آنرا به توحید اختصاص داد و از آن به توحیدالقرآن یاد کرد. وی در این کتاب ضمن اثبات وجود خدا، از راه مطالعه آیات آفاقی و انفسی، دیدگاه های مادیّون را در رمینه روح شناسی ارزیابی می کند و شبهات زیادی را پاسخ می دهد. به دنبال آن بحث دقیقی در چگونگی حصول علم دارد و هشت بحث ابتکاری قرآن را زمینه توحید بررسی می کند که قبل از آن هرگز مورد توجه عرفا و فلاسفه قرار نگرفته است، موضوع هایی مانند علم خداوند، حدوث و قدم عالم، مساله بداء، جبر و تفویض و غیره.
شیخ مجتبی در بیان الفرقان، تلاش می کند امتیاز معارف قرآن را بر معارف بشری به صورت استدلالی به اثبات برساند. ایشان در جلد دوم کتاب در موضوع نبوت در قرآن و مسائلی مانند نظر قرآن درباره نبوت، بیان لزوم پیامبر، رابطه بشر و پیامبران، معجزات پیامبران و غیره بحث می کند. او در جلد سوم کتاب، معاد را تبین می کند و تاویلات عرفا و فلاسفه را در این زمینه به نقد می کشد. جلد چهارم کتاب به نقد کتاب قسطاس المستقیم ابوحامد غزالی اختصاص یافته و نام المیزان القرآن بر آن نهاده شده است. شیخ مجتبی قزوینی، کوشش ابو حامد غزالی را در اثبات کردن وحدت دینی درست نمی داند و مشرب عرفا را نیز به نقد می کشد. از نظر ایشان عرفا دلیلی جز ادعای کشف ندارند و این ادعا حجّیت ندارد و برهان های فیلسوفان، بنا به شواهد منطق، یقین آور نیست.ایشان اختلاف بسیار زیاد بین مشائین، اشراقیان و عرفا بهترین دلیل بر متین نبودن برهان های آنان می داند. شیخ مجتبی در جلد پنجم کتاب در موضوع غیبت، رجعت و شفاعت بحث می کند و در این موضوع نصوص و تصریحات ائمه هدی علیهم السلام را ذکر می کند. ایشان همچنین اشکالات وارد شده به این موضوعات را مطرح نموده و پاسخ می گوید